近日,在国际制备生物学领域权威刊物美国化学学会制备生物学杂志(ACS Synthetic Biology,影响因子:5.316)上,清华大学教授李梢课题组《基于网络CRISPR-Cas9人组辨识人体细胞中的协同机制》一文被作为封面文章公开发表。 课题组研究找到,中医经典名方六味地黄丸及其类方中,能辨识出有若干可以诱导肠炎细胞恶性转化成的中药成分。 课题组针对我国消化道恶性肿瘤发病率大幅增高的趋势,企图从生物分子网络角度来了解炎癌转化成和肿瘤发生的内在机理,有助解决以往单靶标研究模式的局限,从系统的角度展开肿瘤的精准防治,增进肿瘤“清领未病”研究的进展。 课题组明确提出了一个融合计算出来预测和实验分析为一体的方法,这一方法可以找到消化系统炎癌转化成过程是如何再次发生和进展的。
随后课题组利用CIPHER(一种自律研制的、基于网络的全基因组病原基因预测方法)展开炎、癌涉及基因预测,融合临床上消化系统有所不同部位(胃、肠和肝)、有所不同阶段(正常人、炎症和癌症患者)的公共基因表达序数据,检验出有了哪些基因可能会影响消化系统的炎癌转化成进程,也即与消化系统炎癌转化成明显涉及的候选基因集,建构出有影响炎癌转化成的关键因子网络。 接着,课题组用于转化成生长因子(TGFβ1)诱导肠上皮细胞恶性转化成,后用新的CRISPR-Cas9人组(一种基因治疗法,这种方法需要通过DNA剪切技术化疗多种疾病)展开检验,辨识炎癌转化成关键子网中的差异遗传相互作用网络模块。通过对炎症诱导的差异遗传相互作用网络模块分析,说明了了明显差异的基因之间的功能协同特征。 最后,课题组以炎癌转化成关键子网中的协同功能模块为介入靶标,从前期找到的具备诱导炎癌转化成潜在功效的中医经典名方六味地黄丸及其类方中,辨识出有若干需要有所不同程度地介入网络中的新陈代谢-免疫系统等协同作用模块、诱导肠炎细胞恶性转化成的中药成分,为从机制上说明了中药的多成分协同作用获取了新的依据、新途径。
课题组称之为,该研究创建了一条计算出来与实验结合的网络研究途径,用作找到炎癌转化成过程中的调控机制。并预测了可用作炎癌转化成化疗的中药,为了解解读简单疾病的再次发生过程获取了新的思路,同时也为网络药理学研究方法上的新进展做出了贡献。 据报,早在2014年,该课题组就使用网络药理学、系统生物学方法,在“痈”的生物学基础和中药方剂的研究上获得了新进展。该课题组创立了一套高精度的网络药理学智能算法,并在炎癌转化成、中药网络调节机制等方面获得了系列成果,为增进中药“古方新的用”探寻了一条新路。
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